Wo nötig wurden oberhalb der Artebene Aggregate, Gattungsnamen, Familien etc. ergänzt, so das ein vollständiger und widerspruchsfreier Taxonomischer Baum innerhalb der GermanSL abgebildet wird. Oberhalb der Gattung wird auf Konzeptsynonymie verzichtet, da davon ausgegangen werden kann, dass keine auswertbaren Beobachtungen auf dieser Ebene in den Funddatenbaken stehen.

Die Zugehörigkeit zu Familien, Ordnung etc. richtet sich seit der Version 1.4.5 nach der APG IV.

„Neue“ Taxa sind solche, die nicht in den ausgewerteten Standardlisten enthalten sind, weil sie zu einer der folgenden Gruppen gehören:
 

• neu für Deutschland nachgewiesene Sippen
• unbeständige
• Synanthrope
• (häufige) Kulturpflanzen

Sie werden in einer zu den jeweiligen Standardlisten kompatiblen taxonomischen Fassung aufgenommen. So wurde ihr Name etwa an das Gattungskonzept der Standardlisten angepasst.

Sowohl in Wisskirchen & Haeupler (1998) als auch in Buttler et al. (2018) werden nur Hybriden berücksichtigt, die ein elternunabhängiges Areal besitzen; in anderen Standardlisten bleiben Hybriden sogar gänzlich unberücksichtigt. Für die Artenreferenz einer vegetationskundlichen Datenbank ist es dagegen wichtig, alle aus dem Gebiet nachgewiesenen Hybriden zu enthalten, da sie ja als Beobachtungsdaten oder in Vegetationsaufnahmen vorkommen können.
Hybriden wurden vorzugsweise unter ihrem binären bzw. trinären Namen erfasst. Nur wenn ein solcher nicht verfügbar ist, sind sie als Hybridformel eingetragen.

Hierunter verstehen wir alle Sippen zwischen Art-und Gattungsebene. Dies können sowohl formale supraspezifische Taxa (subg., sect., ser.) als auch informelle operationale Einheiten sein (diese werden in der TURBOVEG-Liste einheitlich als „agg.“ bezeichnet). Unter den Standardlisten erkennen nur Wißkirchen & Haeupler (1998) derartige Aggregate an. Sie haben in der vegetationskundlichen Praxis jedoch große Bedeutung, weil entsprechende Namen in Florenwerken und damit auch in Vegetationsaufnahmen häufig gebraucht werden (müssen).
In zwei Fällen haben wir für die TURBOVEG-Liste zusätzliche Aggregate definiert.
 

• Zusammenfassung von Arten, die in bestimmten Entwicklungsstadien nicht sicher unterscheidbar sind (etwa Rumex acetosa und R. thyrsiflorus vegetativ)
• Zusammenfassung von Arten, die in aktuellen Florenwerken im Gegensatz zur jeweiligen Standardliste als eine einzige Art geführt werden. So werden Plagiothecium succulentum und P. nemorale im Sinne von Koperski & al. (2000) von Frahm & Frey (2004) unter dem Namen P. succulentum zusammengefasst. Um P. succulentum sec. Frahm & Frey auf die Standardlistennomenklatur abbilden zu können, wird dort Plagiothecium succulentum agg. eingeführt.

Unter „Synonymen“ verstehen wir alle in gängigen Florenwerken oder ausgewerteten Quellen auftretenden Namen, die in Schreibweise, Rangstufe oder Inhalt von den angenommenen Taxa (der Standardlisten) abweichen. Aktuell erfasst und mit einem Verweis auf ein gültiges Taxon versehen sind über 10.000 Synonyme.