GermanSL - Taxonomische Referenzliste für botanische Datenbanken in Deutschland

Newsletter 04/2020

GermanSL version 1.5 verfügbar

Mit diesem Newsletter möchte ich Sie darüber informieren, dass eine neue Version 1.5 der GermanSL verfügbar ist. Die neue Version enthält einige wesentliche Änderungen gegenüber der Version1.4 und ich empfehle ein Upgrade Ihrer Datenbank, Software, oder wo auch immer Sie die Liste einsetzen.

Die wichtigsten Neuerungen sind:
  1. Umstellung der gültigen Namen der Gefäßpflanzen auf die zweite Standardliste des Bundesamtes für Naturschutz:
    Buttler, May, Metzing (2018) Liste der Gefäßpflanzen Deutschlands, BfN-Skripten 519.
  2. Bezug zur europäischen Referenz Euro+Med
  3. Um die Liste zu entschlacken, wurden in Zuge der Umstellung mehrere tausend Namen, die nicht in der Standardliste enthalten sind und in den zugänglichen Datenbanken nie verwendet wurden, und/oder missverständlich waren, weggelassen. Eine Liste der weggefallenen Nummern ist hier verfügbar.
  4. Um die weitestgehende Übereinstimmung der Taxon ID's mit den seit den 80er Jahren vom BfN vergebenen 5stelligen Nummern weiter aufrecht zu erhalten, mussten knapp tausend Taxa umnummeriert werden. Eine Liste der vorzunehmenden Änderungen von Taxon ID's ist angefügt.

Zur generellen Einführung und zum Aufbau der GermanSL schauen Sie bitte in die Literatur und auf die Webseite. Für Idee und Struktur der Liste auf Jansen und Dengler 2008 und zu möglichen Nutzungsszenarien auf Jansen und Dengler 2010. Ich empfehle die Nutzung des R Packages vegdata für Analysen von auf der GermanSL beruhenden Daten. Dies ermöglicht die automatische oder sofern gewünscht halbautomatische Anpassung der Daten auf Grundlage taxonomischer Konzepte.

Umstellung der Standardliste der Gefäßpflanzen

Im vergangenen Jahr wurde nach zwei Jahrzehnten Arbeit die neue, zweite Standardliste der Gefäßpflanzen Deutschlands  veröffentlicht: Buttler et al. (2018). Ihr liegt eine komplette Überarbeitung der Flora Deutschlands zu Grunde, in enger Abstimmung mit den im Rahmen des NetPhyD Atlasses (NetPhyD 2013) zusammen getragenen Verbreitungsdaten, der Roten Liste (Metzing et al. 2018) und dem Rothmaler Bestimmungsschlüssel. Die gültigen Taxa und auch die meisten in der neuen Standardliste aufgeführten Synonyme sind sukzessive schon in frühere Versionen der GermanSL eingeflossen. Dies geschah bisher mit Änderungs- und Ergänzungslisten zur Wisskirchen-Liste, die als Grundlage diente. Mit der nun vorliegenden Version 1.5 wurde dies umgestellt, die Wisskirchenliste deint nicht mehr als Grundlage, sondern die neue elektronische "Buttler-Liste". Sie enthält, anders als die elektronische Wisskirchen-Liste nur noch die auch im Druckwerk veröffentlichten Namen. Mehrere hundert Namen, die in bisherigen GermanSL Versionen über die Korrekturiste integriert wurden (etwa durch Annahme von nur in der elektronischen Wisskirchen-Version vorhandenen Kartierungstaxa), sind nun als neue Taxa, aber mit den alten ID's integriert.

Gegenüber den 4108 akzeptierten Taxa auf Artniveau in der Buttlerliste, sind in der GermanSL 1.5 5586 akzeptierte Gefäßpflanzen auf Artebene enthalten. Die kanpp 1500 zusätzlichen Taxa rekrutieren sich aus unbeständigen Arten, Gartenflüchtlingen und Hybriden, die alle nicht in die Standardliste aufgenommen wurden, da diese als Checkliste der etablierten Arten in Deutschland dient. Da sie aber in Beobachtungsdatenbanken vorkommen, sind sie Teil der GermanSL.

Euro+Med

Im letzten jahr wurde auch die Euro+Med fertig gestellt: http://www.emplantbase.org/home.html

Euro+Med (2006-): Euro+Med PlantBase - the information resource for Euro-Mediterranean plant diversity. Published on the Internet http://ww2.bgbm.org/EuroPlusMed/ [accessed 2020 Febr.].

Sie ist der Nachfolger der Flora Europaea und deckt Zentraleuropa plus den Mediterranen Raum ab. Derzeit wird der Bezug durch die Angabe der Euro+Med UUID (Universal Unique Identifier) in der GermanSL gegeben. Diese UUID ist in der Offline Version der Euro+Med auf infinitenature.org zu finden.

Fehlende ID's

In der Version 1.5.0 fehlen gegenüber der Version 1.4.5 6252 Synonyme und 845 gültige Taxa. Die nicht übernommene Arten sind nicht Teil der neuen Standardliste und kamen in keiner der überprüften Fund-Datenbanken vor. das heißt aber nicht, dass sie nicht wieder Teil zukünftiger GermanSL werden könnten. Um Fehleingaben zu minimieren, ist es sinnvoll, die Zahl der Taxa so weit wie möglich zu beschränken, weil sich sonst ähnliche Schreibweisen häufen und bei der Digitalisierung oder elektronischen Feldeingabe gehäuft Fehler gemacht werden (ähnlich dem unvermeidlichen Klassiker Calla palustris statt Caltha palustris). Dies gilt insbesondere für wenig genutzte Synonyme. Wenn sie aber beim Überprüfen ihrer Datenbank Taxa aus diesem Pool finden, bitte ich um Nachricht, so dass sie ggf. wieder integriert werden können.

Wenn sie ihre vorhanden Datenbank auf die 1.5 umstellen wollen, laden sie sich bitte die Liste der derzeit nicht mehr existenten Taxa herunter und überprüfen sie ihre Datenbank (z.B in Turboveg2 z.B. über Select - Build Query - Species data - And/Or - Load und Auswahl der Datei "geloeschteTaxa.dbf").

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Ändern von ID's in den Datenbanken    

918 Taxa haben in der Version 1.5 neue ID's erhalten. Das heißt, das gleiche Konzept hat jetzt eine neue Nummer. Dies war notwendig, um die Übereinstimmung mit der Standradlistenkodierung des Bundesamtes für Naturschutz wieder herzustellen. Da es in keinem Fall notwendig war, ID's zu verwenden, die in früheren Versionen in einem anderen taxonomischen Sinne verwendet worden wäre, habe ich darauf verzichtet, einen harten Fork einzuführen. Das heißt, wenn sie eine alte Datenbank mit der neuen Liste verwenden, bekommen sie niemals ein falsches Taxon für eine alte Nummer. ihnen fehlen aber ggf. Namen. Daher müssen sie alle Angaben mit diesen Nummern in ihrer Datenbank mit den neuen ID's ersetzen. (z.B in Turboveg2  über Edit - Replace Species - File name und Auswahl der Datei "replaceSpecies.dbf").

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Ausblick

In den nächsten Monaten wird es vermutlich viele kleine Änderungen und Ergänzungen für die version 1.5 geben, die dann als Unterversionen veröffentlicht werden. Ausserdem fehlen noch die meisten Attribute (Ellenbergzahlen etc.). Bei der höheren Taxonomie, vor allem der Moose ist noch Aufräumarbeit zu leisten. Hier ist auch die stärkere Integration der europäischen Checkliste anvisiert, die im Rahmen der Erstellung des neuen Deutschlandportales der Moose erfolgen wird. Eine komplette Revision der Flechten ist angedacht.
Wie immer gilt: Bitte melden Sie mir alle Fehler, die Ihnen auffallen.

infinitenature.org

Literatur

Buttler, K. P., May, R., & Metzing, D. (2018). Liste der Gefäßpflanzen Deutschlands—Florensynopse und Synonyme. Bundesamt für Naturschutz, BfN-Skripten 519.
Jansen, F., & Dengler, J. (2008). GermanSL - eine universelle taxonomische Referenzliste für Vegetationsdatenbanken. Tuexenia, 28, 239-253.
Jansen, F., & Dengler, J. (2010). Plant names in vegetation databases - A neglected source of bias. Journal of Vegetation Science, 21, 1179-1186.
Netzwerk Phytodiversität Deutschland, & Bundesamt für Naturschutz (Hrsg.). (2013). Verbreitungsatlas der Farn-und Blütenpflanzen Deutschlands. Landwirtschaftsverlag.


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Prof. Dr. Florian Jansen
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